Jak wiadomo, metabolizm większości leków odbywa się w wątrobie. Jest ona również najważniejszym organem odpowiedzialnym za metabolizowanie alkoholu. Łączne spożywanie leków i alkoholu powoduje więc zaburzenie metabolizmu zarówno leków jak i pozostałych substancji docierających do wątroby.

Alkohol nie zmniejsza skuteczności leczenia izotretynoiną, zaburza natomiast gospodarkę lipidową (prowadzi po podwyższenia poziomu trójglicerydów we krwi), dlatego jego spożywanie w czasie terapii nie jest wskazane i wiąże się z koniecznością uważnego monitorowania terapii (oznaczanie poziomu lipidów co najmniej 1 x w miesiącu).

Ponadto opisywane były przypadki nagłego zaczerwienienia twarzy, złego samopoczucia i bólu głowy po łącznym spożyciu alkoholu i doustnej izotretynoiny. Objawy te były prawdopodobnie skutkiem hamowania aktywności dehydrogenazy aldehydowej (enzymu przekształcającego alkohol etylowy w aldehyd octowy).