Lek przyjmuje się 1 lub 2 razy dziennie podczas posiłku zawierającego tłuszcz. Jest to ważne, gdyż wchłanianie izotretynoiny z przewodu pokarmowego do krwi wzrasta 2-krotnie w obecności tłuszczu (wystarczy kromka chleba posmarowana masłem lub majonezem). Lekarz prowadzący dobiera dawkę indywidualnie, z reguły rozpoczynając od 0,5 mg na kilogram masy ciała i modyfikując ją po miesiącu, w zależności od efektów leczenia i nasilenia objawów ubocznych. Niektórzy dermatolodzy stosują od samego początku dawkę 1 mg na kilogram masy ciała – szczególnie, gdy trądzik ma bardzo ciężki przebieg. Dawka dobowa nie powinna być niższa od 0,5 mg/kg. Lekarz prowadzący podejmuje decyzje o jej obniżeniu jedynie w uzasadnionych przypadkach, do których należy zła tolerancja leku. Optymalna dawka dobowa izotretynoiny mieści się w przedziale 0,5-1 mg na kilogram masy ciała.

Leczenie trwa od 4 do 8 miesięcy (im wyższa dawka dobowa, tym krótszy czas leczenia). Istotne jest osiągnięcie dawki skumulowanej (dawki przyjętej podczas terapii) na poziomie 120-150 mg/kg masy ciała.